Najvišji organ Zveze je Skupščina Zveze slovenskih častnikov (v nadaljevanju: Skupščina). Seja Skupščine je lahko redna, izredna in tematska. Redno sejo Skupščine skliče predsednik po sklepu Predsedstva Zveze. Redna seja Skupščine se skliče enkrat letno v skladu s programom dela. Dnevni red in gradivo za sklic redne seje Skupščine pripravi Predsedstvo in ga pošlje članicam Zveze najmanj 10 dni pred zasedanjem. Izredno in tematsko sejo Skupščine lahko skliče Predsedstvo na lastno pobudo, na predlog Komisije za nadzor finančnega in materialnega poslovanja ali na predlog vsaj ene tretjine članic Zveze. Zahteva mora biti pisna in mora vsebovati vprašanja, o katerih naj bi se sklepalo na izredni ali tematski seji Skupščine. Če Predsedstvo ne skliče izredne ali tematske seje Skupščine v 30 dneh po tem, ko je prejelo zahtevo za sklic, skliče izredno sejo Skupščine predlagatelj, ki mora pripraviti dnevni red z ustreznimi gradivi in ga poslati članicam Zveze, ravno tako najmanj 10 dni pred zasedanjem. Na izredni ali tematski seji Skupščine odloča le o zadevi, za katero je bila sklicana.
Spremembe in dopolnitve predlaganega dnevnega reda seje Skupščine lahko predlagajo članice Zveze tri dni pred zasedanjem Skupščine z utemeljitvijo in priložijo ustrezno gradivo za obravnavo pri predlagani novi točki.
O spremembah in dopolnitvah predloga dnevnega reda odloča Skupščina.
V izrednih primerih se lahko seja Skupščine ali drugih organov Zveze skliče tudi na korespondenčni način z uporabo informacijske tehnologije. Za sklic in izvedbo tovrstnih sej se uporabljajo določbe temeljnega akta, ki opredeljujejo redne seje.
Skupščino sestavljajo pooblaščeni predstavniki članic Zveze, ki jih na svojih organih pooblastijo članice Zveze in predsednik Zveze.
Vsaka članica Zveze ima enega predstavnika v Skupščini.
Predstavniki članic Zveze imajo pravico, da na seji Skupščine razpravljajo, dajejo predloge in mnenja o vseh vprašanjih dnevnega reda, da glasujejo o predlogih in drugih aktih Skupščine ter da volijo in da so voljeni v organe Skupščine. Za svoje delo v Skupščini Zveze so odgovorni članici Zveze, ki jo predstavljajo.
Na zasedanju Skupščine sodelujejo tudi člani njenega Predsedstva, člani Komisije za nadzor finančnega in materialnega poslovanja in Komisije za nadzor delovanja Zveze.